I ricercatori in Sudafrica stanno monitorando l’aumento preoccupante di una nuova variante del coronavirus (B.1.1.529) SARS-CoV-2 che causa il COVID-19 che in due settimane è diventata dominante nel Paese. La variante presenta un gran numero delle mutazioni trovate in altre varianti, inclusa la Delta, e si diffonde rapidamente in tutto il Sudafrica. Secondo la comunità scientifica, la variante B.1.1.529 si sarebbe originata nel corpo di un paziente immunodepresso perché malato di AIDS. Un terreno favorevole alle evoluzioni del coronavirus.
Il 6 novembre, il gruppo consultivo tecnico dell OMS sull evoluzione del virus SARS-CoV-2 ha designato B.1.1.529 una “variante di preoccupazione” e gli ha dato la designazione Omicron (saltando Nu o Xi, le prossime lettere dell’alfabeto greco). L’Organizzazione Mondiale della Sanità riserva la designazione Omicron alle “varianti di interesse“. Il progetto GISAID gli ha assegnato l’identificatore GR/4 4A e il progetto Nextstrain gli ha assegnato l’identificatore 21K.
La variante ha un gran numero di mutazioni, 32 delle quali riguardano la proteina spike, il principale bersaglio antigenico degli anticorpi generati dalle infezioni e da molti vaccini ampiamente somministrati. Molte di queste mutazioni non erano state osservate in altri ceppi. La variante è caratterizzata da 30 cambiamenti di aminoacidi, tre piccole delezioni e un piccolo inserimento nella proteina 
spike rispetto al virus originale, di cui 15 localizzati nel dominio di legame del recettore (RBD residui 319-541). Porta anche una serie di cambiamenti e delezioni in altre regioni genomiche. Da notare che la variante ha tre mutazioni nel sito di scissione della furina. Il sito di scissione della furina aumenta l’infettività SARS-CoV-2.
Il Sars-CoV-2 possiede una piccola sequenza polibasica localizzata lateralmente alla “spike”. Questo “pezzo” in più viene tagliato dall’enzima cellulare furina (proteasi). È grazie a questo taglio che la “spike” può legarsi a un secondo recettore, la neuropilina-1, che potenzia l’entrata del virus nelle cellule e la diffusione virale nell’organismo cioè permette l’esposizione delle sequenze di fusione e quindi consente la fusione delle membrane virali e cellulari, passaggio necessario al virus per l’ingresso nella cellula.
Fino a ieri era classificata tra le varianti da monitorare, ora l’OMS l’ha riclassificata come “preoccupante”.
Riportiamo alcuni stralci di un articolo di Ewen Callaway pubblicato sulla rivista scientifica “Nature” il 27 novembre.
Saranno necessarie un paio di settimane per capire se e fino a che punto la nuova variante di Sars Cov 2 è in grado di sfuggire agli anticorpi generati dai vaccini anti Covid, così come alle difese dovute all’attivazione delle cellule T del sistema immunitario ha detto la virologa Penny Moore, dell’Università del Witwatersrand a Johannesburg. Al momento non è chiaro nemmeno se questa variante sia più trasmissibile della Delta. Le notizie finora disponibili riguardano alcuni casi di reinfezioni e di casi in individui vaccinati, ha detto ancora ricordando che i vaccini utilizzati in Sudafrica sono quelli di Johnson&Johnson, Pfizer-BioNtech o Oxford-AstraZeneca. Tuttavia “in questa fase è troppo presto per dire qualcosa”.
La situazione è incerta anche per un l’infettivologo Richard Lessells, dell’Università di KwaZulu-Natal a Durban: “Ci sono molte cose che non capiamo di questa variante”, ha detto in una conferenza stampa organizzata dal dipartimento della salute del Sudafrica. “Il profilo della mutazione preoccupa, ma ora dobbiamo lavorare per capire le caratteristiche di questa variante in relazione all’andamento della pandemia”. Le prime informazioni sulla variante B.1.1.529 sono arrivate grazie alle sequenze genetiche ottenute in Botswana.
“Prove preliminari suggeriscono un aumento del rischio di reinfezione”. Il mutante ha un gran numero di mutazioni, spiegano gli esperti, “alcune delle quali preoccupanti”. “Il numero di casi di questa variante sembra essere in aumento in quasi tutte le province del Sudafrica“. Gli esperti Oms precisano che l’attuale diagnostica basata sui test molecolari “continua a rilevare” la variante Omicron. Diversi laboratori hanno indicato che con un test PCR, ampiamente utilizzato, uno dei tre geni bersaglio non viene rilevato e questo test può quindi essere utilizzato come ‘marker’ per identificare questa variante, in attesa di conferma del sequenziamento. Utilizzando questo approccio questa variante è stata rilevata a velocità più elevate rispetto ai precedenti picchi di infezione, suggerendo che Omicron potrebbe avere un vantaggio di crescita, oltre al già citato maggiore rischio di reinfezione rispetto ad altre “varianti di preoccupazione”. “Sono in corso numerosi studi”, informa infine l’Oms, e il gruppo di esperti Tag-Ve che segue l’evoluzione del virus “continuerà a valutare questa variante. L’Oms comunicherà le nuove scoperte agli Stati membri e al pubblico, se necessario”.
“Una domanda scottante è: riduce l’efficacia del vaccino, perché ha così tanti cambiamenti? “, dice Aris Katzourakis, che studia l’evoluzione del virus all’Università di Oxford, nel Regno Unito.
Moderna ha comunicato che sta lavorando rapidamente per testare la capacità dell’attuale dose di vaccino di neutralizzare la variante di Omicron e i dati sono attesi nelle prossime settimane.
Dall inizio del 2021, Moderna ha avanzato una strategia globale per anticipare nuove “varianti di preoccupazione“. Questa strategia include tre livelli di risposta nel caso in cui la dose di richiamo di 50 µg attualmente autorizzata di mRNA-1273 si dimostrasse insufficiente per aumentare l’immunità calante contro la variante Omicron.
In primo luogo, Moderna ha già testato un booster a dose più elevata di mRNA-1273 (100 µg) in adulti sani. Moderna ha completato il dosaggio di 306 partecipanti in uno studio sulla sicurezza e sull’immunogenicità di questo richiamo ad alte dosi (100 µg). Anche la dose di 100 µg di mRNA-1273 è stata recentemente studiata dal National Institutes of Health (NIH) negli Stati Uniti e ha generalmente determinato i titoli neutralizzanti più elevati contro i precedenti ceppi di SARS-CoV-2 . Moderna sta lavorando per testare rapidamente i vaccini di richiamo ad alte dosi nei test di neutralizzazione per determinare se la dose di 100 µg fornisce una protezione neutralizzante superiore contro Omicron.
In secondo luogo, Moderna sta già studiando nella clinica due candidati booster multivalenti che sono stati progettati per anticipare mutazioni come quelle emerse nella variante Omicron. Il primo candidato (mRNA-1273.211) include diverse mutazioni presenti nella variante Omicron che erano presenti anche nella variante di interesse Beta. La Società ha completato il dosaggio in uno studio di sicurezza e immunogenicità potenzialmente fondamentale dell mRNA-1273.211 ai livelli di dose di 50 µg (N=300) e 100 µg (N=584). Moderna amplierà rapidamente i test sui vaccini di richiamo provenienti da studi multivalenti completati e in corso per determinare se questi candidati multivalenti sono in grado di fornire una protezione neutralizzante superiore contro Omicron.
Terzo, Moderna farà avanzare rapidamente un candidato booster specifico per Omicron (mRNA-1273.529). Questo candidato fa parte della strategia dell’azienda per avanzare candidati specifici per un sottoinsieme di varianti di notevole interesse. Nel 2021 questo ha già incluso booster specifici per Beta e Delta. L’azienda ha ripetutamente dimostrato la capacità di far avanzare nuovi candidati ai test clinici in 60-90 giorni.
“Fin dall inizio, abbiamo detto che mentre cerchiamo di sconfiggere la pandemia, è imperativo essere proattivi mentre il virus si evolve. Le mutazioni nella variante Omicron sono preoccupanti e da diversi giorni ci stiamo muovendo il più velocemente possibile per attuare la nostra strategia per affrontare questa variante”, ha affermato Stéphane Bancel, amministratore delegato di Moderna. “Abbiamo tre linee di difesa che stiamo portando avanti in parallelo: abbiamo già valutato un booster a dose più alta di mRNA-1273 (100 µg), in secondo luogo, stiamo già studiando due candidati booster multivalenti nella clinica che sono stati progettati per anticipare mutazioni come quelle che sono emerse nella variante Omicron e i dati sono attesi nelle prossime settimane e, terzo, stiamo rapidamente avanzando un candidato booster specifico per Omicron(mRNA-1273.529)”.
Anche il laboratorio tedesco BioNTech, alleato di Pfizer, si aspetta di avere disponibili ‘al più tardi tra due settimane’ i primi risultati degli studi che consentiranno di determinare se la nuova variante rilevata in Sudafrica è in grado di sfuggire alla protezione del vaccino. Lo ha comunicato un portavoce dell’azienda. ‘Pfizer e BioNTech si stanno preparando da diversi mesi di adeguare il loro vaccino in meno di sei settimane e a somministrare le prime dosi entro 100 giorni’, se una variante si dimostra resistente.
Secondo l’ISS i vaccini determinano la formazione di una risposta immunitaria contro molti frammenti della proteina cosiddetta Spike, quella, per intenderci, prodotta dal virus per attaccarsi alle cellule e infettarle. Quindi anche se ci fosse stata una mutazione in alcuni frammenti della proteina Spike è improbabile che possa essere sufficiente a rendere il vaccino inefficacie. Dall’Istituto Mario Negri fanno sapere che non c’è nessuna prova – al momento – che questa variante riesca ad eludere il vaccino. Lo stesso Prof. Shabir A. Madhi, uno dei maggiori virologi sudafricani ed Executive Director of the Nationl Institute for Communicable Disease, conferma che il vaccino conserva il suo livello di protezione. Per questo motivo è necessario continuare a favorire la vaccinazione in tutti i Paesi ed è importante comportarsi saggiamente e attendere di avere maggiori dati su questa nuova variante
La dottoressa sudafricana Angelique Coetzee, Presidente dell’Associazione dei medici del Sudafrica e membro della task force sanitaria governativa, riferisce una sintomatologia lieve: «Stanchezza, mal di testa, prurito in gola, leggero raffreddore. Non coincidevano con quelli della Delta che avevamo visto fino a dieci settimane prima. Abbiamo deciso di testarli perché erano simili a quelli di un’infezione virale. Finora nessun paziente affetto da Omicron è stato ricoverato. Non abbiamo mai riscontrato effetti gravi. La cosa interessante è che i pazienti con forti dolori alla gola sono poi risultati tutti negativi». E conclude: «Non dovete farvi prendere dal panico. Se avvertite questo tipo di sintomi, come quelli descritti, per più di due giorni, fate il test. Vaccinatevi, indossate la mascherina e non state in posti affollati»
«Ad oggi (29/11/2021) non sono stati segnalati decessi legati alla variante Omicron» del coronavirus: lo afferma l’Organizzazione mondiale della sanità (Oms) in un documento tecnico sulla nuova variante del coronavirus pubblicato oggi, giorno in cui si tiene una riunione d’emergenza dei ministri della Sanità del G7.
Solo allarmismo quindi? Nelle prossime settimane ne sapremo sicuramente di più.
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Nota:
Il recettore RBD residui 319-541 sede di 15 mutazioni nella variante omicron
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